ADN mitochondrial des chiens portugais et parenté avec le sloughi, l'aidi et les chiens de village tunisiens 
Résumé Dr. Dominique de Caprona 
Traduction Dr. Anne d'Ersu
© de Caprona 2009 

Pour la première fois, l'étude intitulée "Variation des séquences de l’ADN mitochondrial chez les races autochtones de chiens portugais: Diversité et affinités phylogénétiques", par A.E.Pires et al.(voir références bibliographiques) analyse de manière approfondie l'ADN mitochondrial (ADNmt) des chiens portugais autochtones et la parenté génétique de ces derniers avec les races de chiens géographiquement voisines d'Espagne et d'Afrique du Nord.

L'Espagne et la région du Maghreb en Afrique du Nord (Maroc, Algérie, Tunisie) sont voisines du Portugal et font partie de la même région zoogéographique, la sous-région méditerranéenne du Paléarctique. Tout au long de son histoire, la péninsule ibérique a eu des contacts étroits avec l'Afrique du Nord, en particulier lors de l'invasion des Maures, qui l'ont ensuite occupée pendant 8 siècles. Les Maures ont introduit de nouvelles cultures et de nouveaux animaux d'élevage et ont peut-être aussi amené avec eux leurs races de chiens de travail. Trois populations de chiens d'Afrique du Nord ont donc été incluses dans cette étude afin d'analyser et de comprendre leur parenté génétique avec les chiens espagnols et portugais.

Cette étude a donc porté en tout sur 13 populations de chiens.
Chiens portugais: le chien de garde Castro laboreiro , le chien de la Serra Estrela, le berger Alentejo, le berger des Açores, le berger portugais, le pointer portugais, le Podengo português (3 variétés), le chien de gibier d'eau portugais et les chiens de village portugais (bâtards prélevés dans des régions précises de ce pays) 
Chien espagnol: le mastiff espagnol
Chiens d'Afrique du Nord: Maroc: le sloughi, l'aidi - Tunisie: des bâtards Tunisiens.

Haplotypes

49 haplotypes d'ADNmt (887 paires de bases) ont été trouvés chez les 164 individus étudiés, des haplotypes qui leur sont propres ayant été retrouvés dans plusieurs races. Douze de ces haplotypes sont partagés par les 13 populations canines, les 37 autres sont propres aux races ou populations canines de cette étude. L'haplotype W1 du loup ibérique fait partie des haplotypes de toutes les races sauf les suivantes : Chien de garde Castro laboreiro, berger et pointer portugais. 

11 haplotypes, 4 chez l'aidi, 5 chez le sloughi et 2 chez les chiens tunisiens, ne se retrouvent que chez les chiens d'Afrique du Nord. En dehors du Podengo portugues, l'aidi et le sloughi sont les races montrant le plus grand nombre d'haplotypes non partagés. 
L'aidi a montré 7 haplotypes, le sloughi 6. Parmi ceux-ci, l'aidi et le sloughi n'en partagent qu'un seul. Il s'agit d'un haplotype fréquent chez les chiens, que l'on retrouve également chez 16sujets représentant 7 des autres races étudiées ici.

Le chien de garde Castro laboreiro, une race rare et isolée géographiquement, possède un nouvel haplotype pour lequel elle est monomorphe. Les auteurs pensent qu'il est le résultat d'un "goulot d'étranglement" génétique important à partir d'une population ancestrale plus diversifiée ayant ses propres caractéristiques. L'ADN mitochondrial n'a pas permis de distinguer les uns des autres les divers sous-types du Podengo portugues.

Quatre des principaux clades (A,B,C,D) trouvés dans d'autres études scientifiques sur les chiens se retrouvent ici aussi, mais de nouveaux haplotypes ont été détectés au Portugal et au Maroc. 
La population de chiens de village portugais (bâtards), suivie de celle des aidis, a montré la plus grande diversité d'haplotypes.

En ce qui concerne l'ADNmt, les chiens de village portugais ne montrent aucune différenciation génétique par rapport aux races autochtones locales provenant des régions dans lesquelles les chiens de villages ont été prélevés. On a observé une grande diversité génétique chez les bâtards tunisiens, certainement parce que les chiens prélevés n'appartenaient à aucune race précise. Les bâtards tunisiens montrent une différenciation bien moindre par rapport aux autres races africaines et au mastiff espagnol que par rapport aux races autochtones de chiens portugais.

Diversité nucléotidique de l'ADNmt

En dehors du chien de garde Castro laboreiro, limité géographiquement, qui ne montre aucune diversité  nucléotidique, celle-ci est en moyenne élevée dans les autres races. Le chien de la Serra Estrela, le  berger Alentejo et le mastiff espagnol montrent des niveaux de diversité génétique analogues. Des niveaux élevés ont aussi été retrouvés chez les chiens d'Afrique du Nord. 

Conclusion 

La différenciation génétique au sein des races et des populations canines de cette étude est statistiquement significative. Les auteurs indiquent que les efforts de préservation des races devraient prendre en compte la singularité des caractères génétiques mis en lumière dans leur étude et que d'autres marqueurs nucléaires seraient très utiles pour évaluer de façon précise ce qui distingue les races  présentant une grande diversité de l'ADNmt.

Les 3 populations de chiens domestiques africains se sont avérées avoir des haplotypes et des fréquences d'haplotypes distincts de ceux des chiens portugais. Même si certains de ces haplotypes sont partagés, et en dépit de l'occupation de la péninsule ibérique par les Maures pendant 8 siècles, rien dans cette étude ne permet de penser qu'il y ait eu une introgression ou un gradient de fréquence Sud-Nord des haplotypes des chiens d'Afrique du Nord dans les chiens ibériques. Cela va à l'encontre de ce que d'autres chercheurs ont retrouvé chez les animaux d'élevage. En d'autres termes, les animaux d'élevage importés en Ibérie par les Maures ont mélangé leur ADNmt à des degrés divers avec celui des animaux locaux, tandis que rien ne montre que leurs chiens de travail aient fait de même avec les populations de chiens étudiées ici. Enfin, bien qu'ils se côtoient quelquefois dans le même environnement, le sloughi et l'aidi ne partagent pas largement leur ADNmt.

Remerciements
Je remercie A.E.Pires d’avoir mis au point ce texte et tous les photographes qui ont donné leurs photos pour cette page.

Références 

Pires A. E., L. Ouragh, M. Kalboussi, J. Matos, F. Petrucci-Fonseca, M. W. Bruford (2006): "Mitochondrial DNA Sequence Variation in Portuguese Native Dog Breeds: Diversity and Phylogenetic Affinities." Journal of Heredity 97:318-330 

Les races portugaises et espagnoles de cette étude